Dateクラスを使用すると、今日の日付を取得することができます。
その後、以下のメソッドを使用し、必要な値を取得します。

getHours()
	時を取得します。
getMinutes()
	分を取得します。
getSeconds()
	秒を取得します。

それでは、サンプルコードを見てみましょう。

<script>

//今日の日付データのオブジェクトを作成
var nowDatetime= new Date();

//時・分・秒を個別に取得する
var hour = nowDatetime.getHours();
var minute = nowDatetime.getMinutes();
var second = nowDatetime.getSeconds();

//表示
alert(hour+"時",+minute+"分"+second+"秒");

</script>