セマフォの使用状況を確認して削除するまでの手順を記載します

ipcsコマンドのオプション -s でセマフォの使用状況を確認します。
# ipcs -s

------ セマフォ配列 --------
キー     semid      所有者  権限     nsems
0x000000a7 0          root      600        1
0x00000000 3309569    apache    600        1
0x00000000 3899394    apache    600        1
0x00000000 3932163    apache    600        1
0x00000000 3964932    apache    600        1
0x00000000 3997701    apache    600        1
0x00000000 4030470    apache    600        1
0x000003ea 229383     apache    666        3
0x000003e9 262152     apache    666        3
0x000003eb 294921     apache    666        3
0x000003ed 327690     apache    666        3
0x000003ee 360459     apache    666        3

ipcrmコマンドでセマフォを削除します。オプション -s でセマフォIDを指定しています。
# ipcrm -s 4030470