最初のスクリプトが終了(セマフォを開放)した時点で、次に起動されたスクリプトが 開始することになります。

<?php

//セマフォを取得
$sid = sem_get(994);
$res = sem_acquire($sid);

echo "処理開始\n";

//この間に何か処理する

echo "処理終了\n";

//セマフォを解放
sem_release($res);

デフォルトではセマフォ関数は使用できないので、使用できない環境の場合は PHP をリコンパイル する必要があります。
セマフォ関数が無効の場合は、以下のメッセージが出力されます。

PHP Fatal error:  Call to undefined function sem_get() in ....

[対象]
PHP 5.X