mkdir()関数でパーミッションを指定してディレクトリを作成することができます。

mkdir()関数の第二引数にパーミッションを指定します。

<?php
$res = mkdir( '/var/www/html/test', 0644 );
?>

変数$resには戻り値が格納されます。
エラーの場合は、戻り値がFALSEとなります。